Utilisation de R pour l'analyse des données des bases médico-administratives

Public visé

Épidémiologiste, médecin de santé publique, statisticien, data manager, data scientist, économiste amené à réaliser des analyses statistiques sur des données de santé en ARS, ORS, agence de santé, établissement de santé, équipe de recherche orientée santé publique (épidémiologie, SHS), structure privée

Compétences visées

Analyser des données de santé issues des bases médico-administratives avec R

Réaliser des graphiques et cartes avec R

Créer un rapport dynamique avec R

Contenu de formation

Séquence 1 : Prendre en main le logiciel R

Introduction au langage R et à l'environnement de programmation RStudio

R pour l'analyse des données médico-administratives : illustrations des capacités de l'outil
Types de données : valeur numérique, caractère ou catégorielle
Formats des données : des data.frame aux data.table

Analyses statistiques et représentation graphiques élémentaires

Analyses statistiques : du descriptif à la modélisation
Représentations graphiques : du graphique simple à la grammaire de ggplot2
Introduction à la cartographie avec R

Séquence 2 : Introduction à la programmation de fonctions et génération de rapport dynamique

Introduction à la programmation sous R

De la boucle for() aux fonctions apply() et à la library dplyr pour données massives

Création d'un rapport dynamique sous R

Introduction à R Markdown

(page web actualisée le 23/01/2023)

MODALITÉS PÉDAGOGIQUES :

Présentiel : 12 heures par séquence

METHODES PEDAGOGIQUES :

Pour l'ensemble des séquences, alternance de présentations théoriques et de travaux pratiques avec des données issues de open-data.gouv et ScanSanté (openDamir, openMédic, open-ccam)

MODALITES TECHNIQUES

Lien vers la page de présentation des modalités techniques

ÉVALUATION / VALIDATION :

Evaluation de la satisfaction

Contrôle de l'assiduité

Remise d'un certificat de réalisation

Intervenants

Responsable pédagogique

Nolwenn LE MEUR

Professeur, Département Méthodes quantitatives en santé publique, EHESP

Partenaires

Consortium PEPS-ANSM (Pharmaco-Epidémiologie des Produits de Santé)

EA 7449 REPERES, EHESP/Rennes 1 (Recherche en Pharmaco-Epidémiologie et Recours aux Soins)