Le potentiel des données de santé : enjeux, valeurs et réglementation
Le 04 février 2026, différents experts se sont réunis à l'EHESP dans le cadre d'un séminaire sur les données de santé : Pr. Pierre-Antoine Gouraud, PU-PH à la faculté de médecine de Nantes Université; Anne-Alexandra Babu, directrice du GRADeS Pays-de-la-Loire; Pierre-Yves Brossard, directeur opérationnel du tiers lieu BOpEx à l'AP-HP; Vincent Augusto, directeur du centre d'ingéniérie en santé aux Mines de Saint-Etienne; Yohann Fourchon, RSSI et DPO au GHT d'Armor, Dora Talvard, directrice de projets, chargée des affaires juridiques à la Délégation au numérique en santé (DNS), Emmanuel Cloud, directeur de projets à la DNS, Odile Tillon-Fauré, directrice de projets Numérique en santé à l'EHESP.
Collecter, organiser, stocker : l'enjeu des entrepôts de données de santé
1. Quelques chiffres clés
- 1,3 milliards : c'est le nombre de feuilles de soin collectées annuellement dans le SNDS (Système national des données de santé) - une des plus grandes bases de données au monde
- 90 % : c'est la part des établissements français alimentant Mon Espace Santé
- 150 000 : c'est le nombre de professionnels libéraux qui alimentent Mon Espace Santé
Avant de pouvoir envisager une deuxième vie aux données de santé, il est important de savoir les conserver et de les organiser afin de pouvoir pleinement les exploiter par la suite. Ce que permettent les entrepôts de données de santé (EDS).
2. Définition : Qu'est-ce qu'un entrepôt de données de santé ?
- Une base de donnée constituée d'un grand volume de données de santé, "destinée à être conservée longtemps et à être réutilisées principalement à des fins de pilotage (gestion, contrôle, et administration de l'activité) et de recherches, d'études, d'évaluations dans le domaine de la santé." (1)
- 125 ont été mis en œuvre ou sont en cours de mis en œuvre par 102 acteurs différents du secteur public (centres hospitaliers, instituts de recherche...), privé à but non lucratif (associations, centre de lutte contre le cancer...), privé (entreprises, cliniques...)
- Il en existe une trentaine dans les CHU en France
- Le RGPD encadre le fonctionnement des EDS car ils traitent des données sensibles (pseudonymisation des données, droit d'opposition des patients, analyse d'impact...)
3. Exemple d'avantages
L'intérêt d'un EDS est de rassembler et de structurer de grandes quantités de données. Sur le plan clinique, cela permet aux soignants et aux chercheurs de ne plus raisonner uniquement sur des moyennes mais de "comparer des profils de patients similaires, en termes d'âge, de genre, ou de stade de la maladie afin d'obtenir des analyses plus précises" comme l'explique le Professeur Pierre-Antoine Gouraud, PU-PH à la faculté de médecine.
4. Les freins
Depuis 2015, les EDS se généralisent mais ne génèrent pas la valeur attendue. Trois freins expliquent la pleine réalisation de ce potentiel :
- La gouvernance : le manque d'alignement entre la stratégie institutionnelle et la stratégie Big Data, ces stratégies sont rarement portées par les DG.
- La technique : les EDS demandent un travail conséquent d'ingénierie des données
- La concurrence entre CHU : difficulté de collaboration afin de mutualiser les données
Usage secondaire : quelle protection des données de santé ?
Le RGPD distingue clairement l'usage primaire de l'usage secondaire des données de santé :
- Usage primaire : directement lié au soin et à la prise en charge du patient
- Usage secondaire : autre finalités (recherche, alimentation d'IA, statistiques…)
Le RGPD classe les données de santé dans une catégorie particulière de données nécessitant une protection renforcée. Leur traitement est par principe interdit, sauf exceptions liés à l'article 9. Ce qui signifie que toute réutilisation (usage secondaire) doit entrer dans un des cas de dérogation (intérêt public en santé, recherche scientifique…)
A titre d'exemple Mon Espace Santé, n'est pas conçu comme un entrepôt pour l'usage secondaire des données de santé.
Vers un cadre européen
C'est le règlement sur l'Espace européen des Données de Santé (2), prévu pour 2029, qui encadrera réellement l'usage secondaire des données à grande échelle. Objectifs :
- Garantir aux personnes l'accès direct à leurs données de santé
- Assurer la continuité de la prise en charge des patients au sein de l’Union européenne, en permettant l’accès direct des professionnels de santé des 27 États membres aux données de santé des patients qu’ils prennent en charge
- Créer à l’échelle européenne un cadre sécurisé commun pour faciliter et encadrer la réutilisation des données de santé à des fins de recherche, d’innovation et de politique publique, avec notamment une obligation de mise à disposition des données de santé à des fins d’utilisation secondaire, un guichet d’accès unique dans chaque État membre, un catalogue de données et de métadonnées européens.
(1) Source : CNIL - Explorez la cartographie des entrepôts de données de santé en France | CNIL
(2) Source : Agence du Numérique en santé - Espace européen des données de santé (EEDS) | e-santé
